Na početku smo lipnja, mjeseca koji označava početak klimatološkog ljeta. U Hrvatskoj je ime dobio po stablu lipe koje cvate u ovo doba godine, dok korijene njegovog latinskog naziva nalazimo u imenu božice neba, Junone.
Prvim danom lipnja počinje klimatološko ljeto. Ovogodišnji lipanj u našim krajevima počinje djelomice ili pretežno sunčanim, no ne i posve stabilnim vremenom, što nije rijetkost, jer podaci o vremenu na prelazu iz svinja u lipanj potvrđuju kako je to razdoblje vrlo promjenljivog vremena, često praćenog kišom i lokalnim grmljavinskim pljuskovima. Izuzetak nije ni ova godina, iako će oborine biti značajno rjeđe nego posljednjih svibanjskih dana, i uglavnom lokalnog karaktera.
Prve dvije trećine lipnja još uvijek pripadaju prevrtljivom proljeću, a samo ona zadnja, ljetu. Stoga je opravdano za očekivati da će u prve dvije trećine mjeseca još biti i promjenljivog i nestabilnog, pravog proljetnog vremena. Ipak, lipanj se generalno doživljava kao prvi ljetni mjesec.
Lipanj je sunčaniji i topliji od svog prethodnika, s 30-tak sunčanih sati više, pa donosi i toplije vrijeme, sa srednjom temperaturom 3-4 stupnja višom nego u svibnju. Lipanjske temperature mora kreću se između 20 i 23 °C, a za lijepih, sunčanih i toplih lipanjskih dana i more je ugodno za kupanje.
Zbog jake azorske anticiklone, vrijeme je na početku lipnja najčešće sunčano, a topli zrak donosi južni vjetar sa sjevera Afrike te time doprinosi ljetnoj vrućini. Kada se takva situacija zadrži, lipanj može biti i najtopliji mjesec u godini. No stabilno razdoblje se rijetko kad dugo zadržava, prosječno već sredinom lipnja dolazi do prodora vlažnog i svježeg oceanskog zraka uz osjetno zahlađenje koje ne traje dugo.
U kontinentalnim predjelima lipanj je najkišovitiji mjesec u godini, mjestimice padne i 20 % više oborine nego u svibnju. Posebno treba istaknuti podatak o grmljavini, jer je lipanj mjesec s najviše grmljavinskih dana u kontinentalnom dijelu Hrvatske. Uzrok tome su česti prodori hladnog i vlažnog oceanskog zraka koji destabilizira atmosferu te omogućava jak razvoj kumulonimbusa. Pod utjecajem azorske anticiklone duž jadranske obale prevladava stabilnije vrijeme, gotovo potpuno ljetno. Kako je lipanj sa svoje dvije trećine još uvijek proljetni mjesec, zadržava pravo biti promjenjiv, pa pravo ljeto, sa pripadajućim vrućinama, nastupa tek potkraj lipnja, što se podudara sa astronomskim početkom ljeta.
Prosječni lipanj ugodno je topao, s temperaturama zraka u kopnenim predjelima uglavnom između 18 i 20 °C, u gorju od 16 do 18 °C, a na Jadranu između 20 i 23 °C. Najniža lipanjska temperatura izmjerena je 4.6.1962. godine na Zavižanu i iznosila je -3,1 °C. Od većih hrvatskih gradova najsvježije je bilo u Osijeku 9.6.1962., s izmjerenih 1,0 °C. Kad se radi o temperaturama zraka, Osijek je često rekorder, pa je upravo u tom gradu zabilježen i lipanjski maksimalac od 39,6 °C, izmjeren 20.6.1908. godine.
Najveći prosječni broj lipanjskih sunčanih sati ima Dubrovnik, koji ih broji čak 310,8, pri čemu je Dubrovnik i grad s najviše vedrih dana. Najviše toplih dana imaju Split i Šibenik, čak 22, magle je najviše na Zavižanu (11 dana), no zna je biti i u Zagrebu i Varaždinu. Iako se Rijeka percipira kao najkišovitiji hrvatski grad, broj kišnih dana u Varaždinu prosječno je veći, pa je u lipnju Varaždin najkišovitiji hrvatski grad, s prosječno 14 kišnih dana u mjesecu, a slijedi ga Rijeka sa dva dana manje. Vrućih je dana, onih s temperaturama od 30 ili više stupnjeva, najviše u Splitu i Šibeniku (u prosjeku 6), a slijedi ih Osijek sa tek jednim vrućim danom manje.
Što se pak oborina tiče, klimatski prosjek za lipanj u unutrašnjosti zemlje kreće se između 80 i 130 mm, dok je za područje srednjeg i južnog Jadrana višestruko manji i upada u interval od otprilike 35 do 60 mm oborine, s najmanjom vrijednošću na otocima južnog Jadrana. Na Jadranu je lipanj najkišovitiji na njegovom sjevernom dijelu, gdje su prosječne količine oborine mjerljive sa vrijednostima srednjaka na kopnu.
Iako službeno pripada turističkoj predsezoni, lipanj je klimatološki ljetni mjesec, pa su i vremenske prilike vrlo pogodne za početak godišnjih odmora. To se osobito odnosi na područja uz obalu, gdje more svojom nižom temperaturom hladi okolni zrak, zbog čega je boravak na obali posebno pogodan za osobe koje teško podnose velike ljetne vrućine.
U kopnenim predjelima Hrvatske u lipnju cvate korov crkvina te mnogo različitih trava, dok je u priobalju u tom mjesecu povećana koncentracija peludi trava, masline i crkvine.